自1920年后,殖民政府因中国掀起抵制日货运动触怒“英日同盟”等多种因素,开始加强对华文学校的管制,于1920年10月颁布实施了“学校注册法令”,反对法令的庄希泉等人被驱逐出境,华侨学务总会被迫解散。殖民政府除规定教师、董事及学校必须注册外,还对华校的课本和课程作了一些规定,列英文为华校的必修课之一并对华校使用的教科书严加审查与限制,一旦发现有政治色彩,就列为禁书,仅以1935年为例,殖民政府就禁止了16家出版社的84种教科书与教学参考书。之后,还采取通过向被管制的华文学校发放补助金的办法加强对华校的监控(主要指对课程和教科书的监控),但因当时绝大部分的华文学校,既有来自中国的经济资助,又有当地华族社区财力上的支持,故多为接受殖民地政府有附加条件的资助,如1931年马来亚地区共有881间华文学校,其中只有153间接受殖民地政府的经济资助。因此截至1942年日本占领马来西亚前夕,先后有315所华文学校以各种理由被取消注册,但是总体来说,华文教育仍呈现出发展趋势,有一组统计数字可以说明:1937年,马来学校学生为90436人,而华文学校的人数近于马来学校数字,达86289人。这一时期,华文教育持续发展是多方面的,既有华人认同中国的原因,也有华文学校收费低等原因。

    到了1942—1945年间,由于日本占领马来西亚,并对华校恣意践踏,致使华文教育陷入停顿状态。